Významnou součástí aktivit v oblasti vzdělávání je propojení s univerzitami a dalšími vzdělávacími organizacemi. Česká centra nabízejí stabilní komunikační platformu nejen pro akademiky, ale také pro širokou veřejnost se zájmem o češtinu. V rámci podpory bohemistiky v zahraničí je významným partnerem Ústav pro jazyk český AV ČR.
Česká centra dlouhodobě spolupracují s vysokými školami při vysílání studentů do zahraničí na praktické stáže. V rámci profesní přípravy studentů je možné si zvolit stáže s různým zaměřením: administrativně organizační, grafické, překladatelské nebo propagační. V síti Českých center v zahraničí každoročně absolvuje praktické stáže kolem 200 studentů.