Česká centra jsou členy sítě EUNIC od roku 2006, tedy od jejího založení. Členství v síti EUNIC přináší posílení prestiže Česka v mezinárodních kulturních projektech, výměnu odborných informací a zkušeností či možnost čerpání fondů v rámci této sítě. Všechna česká centra v zahraničí jsou členy místních EUNIC clusterů, jejichž rozmístění lze nalézt na mapě zde. Ředitelé českých center se v mnoha případech podílejí na řízení místních clusterů, ať už v pozici předsedy nebo místopředsedy. V roce 2024 v EUNIC clusterech předsedají ředitelé těchto Českých center: Sofie a Bělehrad.
Ústředí Českých center hraje v síti EUNIC důležitou roli, jelikož zastává pozici tzv. Focal Point pro Česko. Každý člen EUNIC Global mé svého Focal Point, který je zástupcem dané členské organizace EUNIC jmenovaný k úzké spolupráci v záležitostech EUNIC. Focal Point má za úkol informovat místní členy EUNIC o dění v síti a je primární spojkou mezi daným regionem / zemí a kanceláří EUNIC v Bruselu. Jakožto Focal Point mají Česká centra také možnost iniciovat a organizovat vzdělávací workshopy pro ostatní členy sítě EUNIC – v r. 2019 proběhl v Praze workshop na téma monitoringu a evaluace s dopadem na kulturní vztahy. Kromě toho Ústředí Českých center úzce spolupracuje s místním EUNIC clusterem Praha a podílí se na řadě společných projektů.
EUNIC Global si každé dva roky volí do svého čela tzv. EUNIC Board, který plní funkci výkonného orgánu EUNIC. Činnost Boardu je koordinována prezidentem a viceprezidentem EUNIC. V letech 2022–2023 měla v EUNIC Boardu silné zastoupení i Česká centra, kdy byl součástí Boardu tehdejší generální ředitel Českých center Ondřej Černý, nejprve jako řádný člen a později jako viceprezident. Aktuální složení EUNIC Boardu lze nalézt zde.
Ústředí Českých center jakožto Focal Point disponuje pravomocí propůjčovat plné členství v EUNIC zastupitelským úřadům ČR, a to za účelem reprezentace Česka v síti EUNIC v místech, kde Česká centra dosud nemají své zastoupení. Děje se tak na základě pověření generálního ředitele Českých center. Aktuálně jsou pověřené členstvím v EUNIC clusterech tato velvyslanectví a generální konzuláty: